PET’s direktion består af chefen for PET, den operative chef, den juridiske chef, stabschefen og afdelingscheferne for Kontraterrorisme, Indhentning, Kontraspionage, Sikkerhed og SIOC (Situations- og operationscenter).
Center fra Terroranalyse (CTA) er et fusionscenter, hvis medarbejdere stammer fra fem danske myndigheder (PET, Forsvarets Efterretningstjeneste, Udenrigsministeriet, Beredskabsstyrelsen og Rigspolitiets Nationale Efterforskningscenter). CTA beskæftiger sig med analyse og vurdering af terrortruslen mod Danmark og danske interesser i udlandet.